Với sự phát triển của công nghệ, một trò chơi mới ra đời và chỉ được giành cho các con cháu của quan chức Nhật Bản. Conan và Đội Thám…

Sau khi nhận lời mời của một huấn luyện viên bí ẩn, Ash, Misty và Brock gặp Mewtwo – một Pokémon nhân tạo muốn gây chiến.